ISSI was founded in 2003 as a non-profit organization by a group of Indonesian historians in Jakarta. These historians, having led an oral history project that had started in 2000 to interview the victims of the 1965-66 violence, decided that they needed their own archive to house the recordings and transcripts of that research. At the same time, they pooled their separate book collections to form the core of ISSI’s library. Since then, ISSI has conducted further oral history research and acquired more books and documents. It now has special collections related to the writer Pramoedya Ananta Toer, the cultural organization Lekra, and the history of Timor-Leste (including the records of the Indonesian solidarity organization Fortilos). It also has a collection of photographs from c. 1950-65 taken by Oey Hay Djoen.

ISSI dibentuk pada 2003 sebagai sebuah organisasi nirlaba oleh sejumlah sejarawan di Jakarta. Para sejarawan ini, yang telah memulai proyek sejarah lisan pada 2000 dengan mewawancarai korban-korban peristiwa 1965-66, memutuskan bahwa mereka perlu mendirikan pusat arsip sendiri untuk menyimpan rekaman dan transkrip penelitian tersebut. Pada saat bersamaan, mereka menyerahkan sejumlah koleksi buku masing-masing untuk membangun koleksi perpustakaan ISSI. Sejak itu, ISSI telah melakukan penelitian sejarah lisan lainnya dan memperoleh tambahan buku-buku dan dokumen. Saat ini, kami telah memiliki koleksi khusus tentang Pramoedya Ananta Toer, organisasi kebudayaan Lekra, and sejarah Timor-Leste (termasuk dokumen Forum Solidaritas untuk Timor Leste). Kami juga memeiliki koleksi khusus foto-foto pada 1950-1965 yang diambil oleh Oey Hay Djoen.